A vegetação secundária que se estabelece em áreas antropizadas pode desempenhar um importante papel no seqüestro de carbono, compensando parte do que foi liberado com a queima da floresta original. Entretanto na Amazônia Central a vegetação secundária que se estabelece em áreas de pastagens degradadas contém poucas espécies vegetais de importância econômica, o que em conjunto com as limitações físicas e químicas do solo dificulta sua reincorporação ao sistema produtivo. Para evitar que novas áreas de florestas primárias sejam derrubadas e queimadas devido à busca dos produtores pela fertilidade do solo, é necessário a adoção de sistemas de uso da terra tolerantes as condições biofísicas das áreas degradadas. Serviços ambientais e econômicos de quatro modelos de sistemas Agroflorestais implantados após a eliminação da vegetação da pastagem abandonada foram comparados com o da vegetação secundária testemunha. Os modelos agroflorestais que tiveram uma composição florística mais diversificada, espécies adequadas às condições bióticas e abióticas e manejo de matéria orgânica com leguminosas adubadoras tiveram maior taxa de acúmulo de carbono e níveis de matéria orgânica e dos nutrientes do solo maior do que o da vegetação secundária testemunha. A adoção de sistemas agroflorestais em substituição a parte das áreas degradadas na Amazônia pode colaborar com o balanço regional de carbono. No entanto a rentabilidade e a maior produtividade (até 3 vezes) dos sistemas agroflorestais em relação aos cultivos convencionais nos indica que tem grande potencial de adoção pelos produtores e por ser um sistemas de uso da terra permanente, poderá ter nesta ultima característica sua principal contribuição à mitigação da emissão de CO2 pela queima de florestas.